Pembentukan kelab Bologna Football Club' telah diatur oleh Emilio Arnstein, orang Austria yang berminat dengan sukan bola sepak ketika menuntut di sebuah universiti di Vienna dan Prague. Beliau dan abangnya juga sebelum ini telah menubuh kelab bola sepak lain, Black Star di Austria.

Kelab ini telah ditubuhkan pada 3 Oktober 1909 di bandar yang terletak di bahagian utara Itali, Bologna. Setelah pembentukannya, Carlo Sandoni menjadi penaja dan pengurus kelab, Louis Rauch dari Switzerland menjadi presiden, bangsawan Guido Della Valle menjadi naib-presiden, Enrico Penaglia merupakan setiausaha manakala Sergio Lampronti menjadi juruwang dan Emilio Arnstein dan Leone Vincenzi dilantik menjadi anggota majlis.

Pada 20 Mac 1910, Bologna bermain pada perlawanan pertamanya menentang Virtus, yang memakai jersi putih. Bologna menang dan membelasah pasukan lawan 9-1. Pada musim-musim awal, mereka banyak beraksi di liga daerah dan di bawah kapten Arrigo Gradi, Bologna memenangi liga dan memperoleh kenaikan liga yang dinamakan Group Veneto-Emiliano. Mereka menghabiskan empat musim di liga itu dan Bologna tidak pernah menamatkan musim di bawah tempat kelima dan yang hanya di atas sahaja. Bologna sekali gus memasuki Liga Utara sebelum kesemua liga bola sepak di Itali ditunda akibat Perang Dunia Pertama yang telah tercetus.

Era kejuaraan

Selepas Perang Dunia Pertama, Bologna mula menjadi sebuah kelab cemerlang. Mereka melangkah ke peringkat separuh akhir buat pertama kali dalam kejohanan liga utara Itali pada musim 1919–20 dan pada musim berikutnya, mereka mara ke peringkat akhir Liga Utara sebelum kecundang 2–1 kepada Pro Vercelli. Mereka mengulang kembali kekecewaan dengan hanya selaku naib juara pada musim 1923-24 selepas tewas kepada juara, Genoa.

Bologna menjadi juara Liga Utara buat pertama kali pada musim 1924-25 dengan menewaskan Genoa CFC selepas mengharungi lima perlawanan akhir untuk merebut trofi kejohanan itu. Bologna kemudian mara ke perlawanan akhir buat Liga Kebangsaan sebelum menang 6-0 ke atas kelab dari selatan Itali, S.S. Alba-Audace Roma. Perlawanan akhir menentang kelab gergasi dari Liguria itu dicemari dengan masalah rusuhan orang ramai. Beberapa musim kemudian, Bologna dinobatkan sebagai juara Liga Kebangsaan Itali buat kali kedua pada musim 1928–29 lalu membolehkan ia bertapak di bola sepak Itali dan membina sebuah legasi apabila kejohanan ini adalah kali terakhir dipertandingkan dengan menggunakan format lama dan Serie A diatur pada musim berikutnya.

Kejuaraan Scudetto yang dirangkul Bologna sebanyak empat kali sebelum Perang Dunia Pertama iaitu pada musim 1935–36, 1936–37, 1938–39 dan 1940–41.

Selepas Perang Dunia Kedua

Selepas Perang Dunia Kedua, Bologna kurang bertuah. Sepanjang dekad 1950 dan 1960, kelab ini amnya menamatkan musim antara tempat keempat, kelima dan keenam di liga sehingga ia berjaya merampas kejuaraan liga semula pada musim 1963–64. Kejuaraan "Scudetto" ini merupakan kali terakhir diraih Bologna dan menjadikannya koleksi trofi liga ketujuh. Selain itu, Bologna juga diberi tiket ke Piala Eropah 1964–65 (kini Liga Juara-Juara) tetapi disingkirkan pada pusingan utama menentang Anderlecht.

Selepas itu, Bologna tidak menempuhi tempoh atau masa kemerosotan atau tidak bertuah, mereka berjaya meraih Coppa Italia sebanyak dua kali pada era 1970an. Trofi Coppa Italia kedua Bologna dipertikaikan ketika menentang Palermo. Perlawanan menjadi sengit apabila kedudukan seri 1-1 sebelum penentuan penalti diadakan bagi menentukan pemenang sebelum Bologna merekodkan kejuaraan Coppa Italia keduanya dengan menang 4-3 pada penentuan penalti.

Tersungkur dan mundur

Pada permulaan musim 1981–82, kelab ini mula tersungkur. Pertamanya, mereka disingkirkan dari Serie A selepas bergelut untuk selamat dari zon penyingkiran bersama-sama dengan Cagliari dan Genoa. Mereka telah tersingkir dua kali berturut-turut apabila tersingkir sekali lagi kali ini ke Serie C1 (divisyen ketiga Itali). Mereka berjaya melepaskan diri dari Serie C1 pada tahun seterusnya dan kembali ke Serie A semula pada musim 1988–89 selepas empat tahun berjuang untuk meninggalkan Serie B.

Mereka tidak kekal lama apabila tersingkir ke Serie B pada 1991 dan kembali semula ke Serie C1 pada 1993. Tiga tahun kemudian, mereka melangkah ke Serie A. Pada tahun 1998, Bolgna merasai pengalaman beraksi di Eropah dengan memenangi Piala Intertoto UEFA dan beraksi di Piala UEFA. Bologna kekal di Serie A sehingga kempen untuk musim 2004–05 sebelum tewas kepada Parma pada pusingan play-off.

Walaupun kehilangan beberapa tonggak utama, Bologna dijangka akan mencabar kenaikan ke Serie A pada kempen 2005–06. Walaupun itu objektifnya, Bologna menunjukkan prestasi hambar menyebabkan pemecatan jurulatih berpengalaman, Renzo Ulivieri dan digantikan oleh bekas pertahanan Internazionale, Andrea Mandorlini.

Pada masa ini, Bologna telah dijual oleh Giuseppe Gazzoni Frascara kepada Alfredo Cazzola, seorang usahawan tempatan. Mardorlini tidak mampu membawa Bologna menduduki tempat teratas Serie B lalu dipecat pada 5 Mac 2006. Ulivieri dilantik semula menjadi jurulatih pasukan yang telah dipecat beberapa bulan sebelumnya. Bologna menamatkan kempen Serie B pada musim 2005-06 di temat kelapan. Pada musim berikutnya, Bologna menghabiskan musim di tempat ketujuh dan terdapat perbalahan antara pengerusi Cazzola dan ketua jurulatih Ulivieri, lalu jurulatih Bologna dipecat serta merta pada 14 April 2007 dan digantikan oleh bekas pembantu jurulatih, Luca Cecconi. Untuk 2007–08, Bologna telah dikemudi oleh Daniele Arrigoni, yang membantu rossoblù meninggalkan divisyen kedua Itali itu apabila menamatkan musim di tangga kedua liga.

Kembali ke Serie A

Pada musim panas 2008, Cazzola telah bersetuju untuk menjual kelab ini kepada konsortium Amerika tetapi dibatalkan pada penghujungnya berikutan tidak mencapai persefahaman di kedua-dua belah pihak tetapi Cazzola akhirnya melengkapkan penjualan kelab ini kepada Francesca Menarini sekali gus menjadikannya wanita kedua menjadi pengerusi kelab Serie A. Arrigoni telah disahkan sebagai ketua jurulatih baru dan memulakan musim dengan cemerlang apabila mengecewakan Milan 2-1 di San Siro. Pada minggu-minggu seterusnya, Bologna bergelut di Serie A dengan mengalami lapan kekalahan dalam sembilan perlawanan. Selepas tewas memalukan 5-1 kepada Cagliari, Daniele Arrigoni dipecat serta merta pada 3 November 2008 dan Siniša Mihajlović dilantik sebagai jurulatih rossoblù baru.

Pada 14 April 2009, Giuseppe Papadopulo telah dilantik sebagai pengurus baru dan dengan cemerlangnya, berjaya membimbing Bologna mengelakkan penyingkiran ke Serie B pada hari terakhir musim. Pada musim 2009–10, Bologna beraksi di Serie A buat kali ke-65 dan berjaya melepaskan diri dari zon penyingkiran walaupun menghadapi isu masalah kewangan di bawah ketua jurulatih baharu, Franco Colomba.

Pada Jun 2010, keluarga Menarini yang merupakan pemilik kelab ini pada masa itu telah menjual keseluruhan kelab ini kepada usahawan dari Sardinia, Sergio Porcedda. Franco Colomba dipecat sebaik sahaja sebelum permulaan musim 2010–11 pada 29 Ogos 2010 walaupun berjaya menyelamatkan kelab dari zon penyingkiran pada musim sebelumnya. Presiden kelab, Sergio Porcedda berkata beliau berbuat demikian kerana "beliau [Colomba] adalah was-was buat pasukan ini."

Konsortium "Bologna 2010"

Pada 23 Disember 2010, konsortium Bologna 2010 yang diketuai oleh pengurus bank, Giovanni Consorte dan ahli perniagaan kopi, Massimo Zanetti memiliki kelab ini dari Sergio Porcedda selepas Porcedda gagal untuk membayar gaji kepada kelab ketika tempohnya pemilikannya dan meletakkan Bologna di jurang pembankrapan. Syarikat itu juga berhutang dengan ajen Leonardo Corsi ketika perpindahan pemain Andrea Raggi. Zanetti juga menjadi pengerusi kelab yang baharu selain pemuzik terkena Itali dan penyokong setia Bologna, Gianni Morandi dilantik sebagai presiden kehormat.

Pada 21 Januari 2011, Presiden Massimo Zanetti dan CEO Luca Baraldi meletak jawatan hanya selepas 28 hari memegang jawatan masing-masing oleh kerana tiada persefahaman dengan rakan-rakan peribadi dan kewangan lain. Untuk 76 hari, Marco Pavignani menjawat jawatan sebagai presiden Bologna.

Sejak 7 April 2011, selepas peletakan jawatan Pavignani dan telah membayar 2.5 juta euro dari pertamabahan modal, presiden baru Bologna ialah Albano Guaraldi, pemegang saham "Bologna 2010" kedua terbesar dengan 17% daripada kuota di belakang Zanetti.

Pada musim 2013–14, Bologna tersingkir sekali lagi ke Serie B dan dan juga terdapat beberapa masalah kewangan yang melibatkan kelab dan pemiliknya, Albano Guaraldi, yang jauh dikritik oleh penyokong pasukan selepas membuat beberapa keputusan kontroversi termasuk penjualan tonggak utama kelab, Alessandro Diamanti ke kelab China, Guangzhou Evergrande. Ketua jurulatih baharu, Luis Diego López dilantik untuk menghadapi musim baharu manakala presiden Guaraldi dengan jelasnya menyatakan keinginanny untuk menjual Bologna ke mana-mana pemilik lain. Satu kumpulan dari Amerika Utara yang diketuai Joe Tacopina, Alex Rodriguez dan melibatkan ahli perniagaan Kanada, Joey Saputo (pemilik Montreal Impact) menyatakan keinginnya untuk memiliki Bologna dan diikuti tawaran lain yang dibuat oleh bekas pengerusi, Massimo Zanetti. Pada 15 Oktober 2014, lembaga pengarah mengesahkan penjualan kelab kepada Tacopina, yang kemudian menjadi pengerusi dan presiden baru Bologna.

Konsortium "BFC 1909 Lux Spv"

Di bawah pemilik baharu, BFC 1909 Lux Spv S.A.[1] Luxamburg sebagai syarikat pegangan pengantara. Bologna mengesahkan mereka kembali semula ke Serie A pada tahun 2015.